Zastosowanie  w  budynku  mechanicznej  wentylacji  nawiewno-wywiewnej  wymusza  szczegółowe rozwiązania wentylacji newralgicznych pomieszczeń, takich jak: kotłownia, pokój dzienny z kominkiem i kuchnia. Wszystkie te miejsca ze względu na swą specyfikę mają inne wymagania niż pozostała część budynku. Kotłownia to pomieszczenie, które w przypadku montażu kotła z otwartą komorą spalania musi być wyposażone w przewody: spalinowy, naturalnej wentylacji wywiewnej i doprowadzający powietrze do procesu spalania. Wielkość i umiejscowienie poszczególnych przewodów zależą od mocy kotła i rodzaju spalanego paliwa. W domu niskoenergetycznym z uwagi na wentylację mechaniczną z odzyskiem ciepła powinno się dążyć do ograniczenia niekontrolowanej infiltracji powietrza zewnętrznego poprzez minimalizację liczby otworów w obudowie budynku. Dlatego zamiast kotłów z otwartą komorą spalania zaleca się stosowanie kotłów z zamkniętą komorą spalania, np. kondensacyjnych. Wyposażone są one w system rura w rurze, który pozwala na pobieranie powietrza do procesu spalania bezpośrednio z zewnątrz, a nie z pomieszczenia. Dzięki temu nie ma potrzeby wykonywania kanału nawiewnego, a proces spalania odbywa się w sposób niezależny. Zmniejsza się tym samym strumień powietrza zewnętrznego doprowadzanego do budynku z pominięciem systemu wentylacji mechanicznej, redukują się straty ciepła na wentylację i straty ciepła spowodowane wychłodzeniem kotła oraz zasobnika c.w.u.
Oddzielnego potraktowania w budynku energooszczędnym  wymaga  również  kwestia  montażu i bezpiecznej eksploatacji kominka. W domach tradycyjnych  kominki  pobierają  powietrze  do  procesu spalania z pomieszczenia, dlatego w czasie ich użytkowania dochodzi do zwiększenia strumienia powietrza zewnętrznego, napływającego do budynku. W przypadku wadliwie działającej wentylacji naturalnej może dojść nawet do odwrócenia ciągu w przewodach wywiewnych, co jest zjawiskiem bardzo niebezpiecznym. Zwiększenie strumienia powietrza wentylacyjnego prowadzi również do powstania dodatkowych strat ciepła. Aby ich uniknąć, a jednocześnie nie dopuścić do zakłócenia pracy systemu wentylacji w domu niskoenergetycznym, należy stosować kominki z zamkniętą komorą spalania. Kominków takich nie należy jednak mylić z typowymi kominkami wyposażonymi w szybę żaroodporną. Kominki z zamkniętą komorą spalania posiadają niezależne doprowadzenie powietrza do paleniska, które odbywa się najczęściej za pośrednictwem przewodu zlokalizowanego pod budynkiem. Dzięki temu nie dochodzi do zakłócenia pracy wentylacji mechanicznej oraz zwiększenia niekontrolowanej infiltracji powietrza zewnętrznego.

Kolejnym pomieszczeniem, które ze względu na swoją  funkcję  wymaga  oddzielnego  potraktowania, jest kuchnia. W czasie przygotowywania posiłków powstają znaczne ilości zanieczyszczeń, które nie powinny: po pierwsze, przedostawać się do pozostałej części budynku, a po drugie, prowadzić do zanieczyszczenia kanałów wentylacyjnych. Dlatego w kuchni należy zastosować dodatkowy system filtracji powietrza. Składa się on z okapu umieszczonego nad miejscem gotowania posiłków i filtru przed kratką wywiewną. Okap nie jest podłączony do systemu wentylacji mechanicznej ani wentylacji naturalnej. Jego zadaniem jest pochłanianie powstających zanieczyszczeń i zapachów. Oczyszczone wstępnie powietrze podawane jest do pomieszczenia, skąd jest wywiewane przez kratkę wentylacji mechanicznej. Kratka ta powinna być dodatkowo zabezpieczona filtrem przeciwtłuszczowym zamontowanym w kratce lub przed nią.